Logiciel médical LD1

pour LAMPde conceptionde partage

Évitement automatique de l'homologie et de la structure modèle Options BLAST locales et de bureau Recherche automatique de séquences Visualisation des séquences Calculateur d'amorces Gestion des données et des bases de données Générer un rapport A propos de LAMP Designer OptiGene propose un logiciel qui permet de concevoir des amorces efficaces pour les essais d'amplification isotherme à médiation de boucle (Loop-Mediated Isothermal Amplification, ou LAMP). LAMP est une méthode d'amplification isotherme de l'ADN inventée par la société japonaise Eiken Chemical Company Ltd. Elle peut être utilisée pour amplifier quelques copies d'ADN jusqu'à 109 copies en seulement 30 minutes. La méthode LAMP couplée à la transcription inverse peut également être utilisée pour l'amplification de séquences d'ARN. La méthode LAMP utilise six amorces spécialement conçues pour reconnaître huit régions distinctes de l'ADN cible et la conception de ces six amorces est essentielle à la réussite de l'essai. LAMP Designer récupère des lots de séquences de gènes directement dans le programme à partir de sources en ligne telles que GenBank. L'application peut effectuer une recherche BLAST pour éviter les homologies croisées lors de la conception des amorces. Elle prend également en charge les options BLAST locales et de bureau pour l'utilisation de bases de données personnalisées et non publiées. LAMP Designer intègre une vue de la séquence avec des amorces marquées sur la séquence, et calcule une température de fusion, Tm, en utilisant la théorie thermodynamique du plus proche voisin et des valeurs SantaLucia très précises. Le logiciel exporte également un rapport de qualité de publication pour les essais conçus afin de les partager avec des collègues. Les données sont organisées en format de projet et une base de données locale d'informations sur les séquences et les résultats de recherche est maintenue. Éviter les homologies croisées LAMP Designer interprète automatiquement les résultats de la recherche BLAST