Dans le système de gestion des déchets, l'air pénètre dans l'ouverture de travail de l'unité et passe par les orifices d'évacuation, capturant les particules générées par la vidange des cages. L'air est ensuite aspiré à travers un système de pré-filtre à deux étages, passe à travers le filtre HEPA du troisième étage (efficacité de 99,99 % à 0,3 micron de particules) et est renvoyé dans la pièce à la base arrière de l'appareil. La litière et les déchets animaux passent par des orifices en forme d'entonnoir où ils sont acheminés dans des sacs doublés de plastique ou dans des boîtes à brûler recouvertes de polyvinyle. Les sacs ou les boîtes peuvent être scellés dans l'unité avant d'être retirés du système.
Un accès est prévu à l'intérieur du capot pour sceller les contenants avant de les enlever. Cette caractéristique permet de réduire l'exposition du personnel aux allergènes.
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