Module logiciel pour séquençage HLA SEQNEXT-HLA

de laboratoired'analysede cartographie

SEQNEXT-HLA est une application puissante et conviviale pour l'analyse des données de typage basées sur les séquences HLA provenant de toutes les plateformes et kits de séquençage de nouvelle génération courants. Toutes les versions de la base de données HLA IMGT peuvent être téléchargées et importées. Pour le calcul des résultats, les séquences intron peuvent être prises en compte pour exclure les allèles nuls, et le phasage peut être vérifié. Des avertissements concernant les couvertures et le bruit de fond peuvent être affichés. Les nouveaux allèles sont également appelés. Le résultat peut être affiché en résolution maximale, 1 champ ou 2 champs et en code NMPD. Toutes les données des résultats peuvent être transférées vers les systèmes LIM internes des laboratoires et / ou publiées sous forme de rapports personnalisés pour les patients. Compatible avec les données de toutes les plateformes et kits de séquençage de nouvelle génération courants Configuration facile de régions cibles individuelles (ROI) basées sur la base de données HLA de l'IMGT Analyse des fichiers fastq ou fastq.gz Normes efficaces pour la cartographie, l'alignement, la qualité et l'appel d'allèles Paramètres configurables pour l'appel d'allèles Analyse de loci complets (données sur les exon et les introns) Détection / exclusion des allèles nuls sur la base des séquences d'introns Vérification de la mise en phase pour éliminer les ambiguïtés Détection de nouveaux allèles