La contamination accidentelle d'une culture cellulaire par des bactéries, des levures, des champignons ou des mycoplasmes entraîne une croissance rapide du micro-organisme contaminant et une détérioration de la culture cellulaire. Afin d'éviter cela, toutes les procédures de manipulation doivent être effectuées dans des conditions aseptiques et l'utilisation prophylactique d'agents antimicrobiens est généralement avantageuse. Lors de l'utilisation d'agents antimicrobiens dans des cultures cellulaires, il est important de tenir compte de leur toxicité potentielle sur les cellules cultivées ; il est donc important d'éviter les concentrations élevées et d'utiliser ces agents surtout lorsqu'il existe un risque réel de contamination, comme c'est le cas pour la culture de cellules primaires provenant de spécimens chirurgicaux. La stabilité des agents antimicrobiens en culture est limitée, il est donc parfois vraiment nécessaire de remplacer le milieu de culture par un milieu frais. Les différents antibiotiques ont des mécanismes d'action différents et présentent également des spectres d'activité variables. L'utilisation de mélanges de différents antibiotiques en même temps est une bonne approche et minimise le risque d'émergence de micro-organismes résistants aux antibiotiques.
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