Kit de test pour maladies gastro-intestinales EG-90068-NGS

d'oncologiede gènesde sang

Les kits EliGene® NGS permettent l'amplification par PCR multiplex de toutes les régions cibles requises du ou des gènes d'intérêt. La quantité d'ADN recommandée pour chaque réaction PCR multiplex est comprise entre 20 et 100 ng d'ADN provenant de matériel fixé au formol et inclus en paraffine (FFPE) ou de sang. Ensuite, les amplicons obtenus portent un code-barres avec les séquences MID et sont mélangés par échantillon. Cet échantillon est quantifié et séquencé à l'aide d'un instrument NGS Illumina pour le séquençage massivement parallèle (MPS) conformément aux instructions du fabricant. Les séquences obtenues sont ensuite analysées par comparaison avec la séquence de référence du/des gène(s) ciblé(s) afin d'identifier les positions des variants. Introduction Les kits EliGene® NGS sont utilisés pour une ou plusieurs réactions PCR multiplex entraînant l'amplification de régions cibles d'un échantillon. Pour l'amplification, on utilise un mastermix prêt à l'emploi contenant une ADN polymérase à démarrage rapide. Les amplicons résultant de chaque multiplex sont dilués 100 fois. Dans un second temps, une deuxième série de PCR est réalisée à l'aide du kit EliGene® Adaptor-IL NGS, permettant le marquage de tous les amplicons pour incorporer les MID et les adaptateurs p7 et p5 requis pour le séquençage Illumina MiSeq. Les amplicons marqués qui en résultent sont mélangés par individu en appliquant un schéma de mélange prédéfini spécifique à l'essai. Chaque bibliothèque d'amplicons est ensuite purifiée des petits fragments d'ADN résiduels inférieurs à 150 pb et la concentration d'ADN est déterminée à l'aide d'une PCR en temps réel avec des normes de concentration.