La gamme de tailles de fragments à séparer déterminera le choix de la concentration d'agarose pour un gel. La concentration typique d'agarose est de 0,5 % à 3,0 %. Pour les grands fragments d'ADN, des gels à faible pourcentage sont nécessaires, tandis que pour les petits fragments d'ADN, des gels à fort pourcentage sont recommandés. Les gels faibles (0,5 % d'agarose) doivent être électrophorisés à basse température (par exemple -4°C). Les gels d'agarose de 0,75% à 1,0%, pour l'électrophorèse de routine, sont recommandés pour une large gamme de séparations (0,15 à 15 kb). les gels d'agarose à 2...4% sont généralement sélectionnés pour la résolution des fragments PCR. Si le gel doit être photographié par la suite, les gels fins (2 à 3 mm) avec un faible pourcentage d'agarose sont préférables aux gels épais ou à fort pourcentage. Ces derniers produisent une opacité et une autofluorescence accrues.
Tampon d'électrophorèse
Le tampon TAE permet une résolution optimale des fragments d'une longueur supérieure à 4 kb, tandis que pour les fragments de 0,1 à 3 kb, il convient d'opter pour le tampon TBE. Le TBE a un pouvoir tampon plus élevé et une conductivité plus faible que le TAE et doit donc être utilisé pour l'électrophorèse à haute tension. En outre, le tampon TBE génère moins de chaleur que le TAE à une tension équivalente et ne permet pas une dérive significative du pH. Remarque : en raison de son pouvoir tampon inférieur, le TAE doit être mis en circulation ou mélangé de temps en temps pour les électrophorèses de longue durée, en particulier à des tensions élevées.
Influence de la température
L'électrophorèse à haute tension produit de la chaleur. En outre, les tampons à haute conductivité tels que le TAE génèrent plus de chaleur que les tampons à faible conductivité.
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