LIS d'analyse RiboPrinter®

de gestion de donnéesde laboratoire

Le ribotypage est une technologie basée sur des fragments qui utilise des enzymes de restriction pour cibler et couper des régions des gènes de l'ARN ribosomal (5S, 16S, 23S et la région d'espacement comprenant l'ARN Glu-t), générant ainsi une empreinte génétique unique de l'organisme au niveau de la souche. Le système de ribotypage regroupe les échantillons dont les motifs RiboPrint® se situent dans un degré de similitude déterminé. Ces motifs peuvent être générés avant ou après l'autre et peuvent être utilisés pour déterminer le niveau de similitude entre les isolats dans le cadre d'un exercice de suivi et de tendance dans un programme de surveillance de l'environnement (EM). Notre équipe construit et entretient une bibliothèque personnalisée pour chaque client qui soumet des échantillons à des fins de riboprinting. Chaque fois que le client soumettait un nouvel échantillon, celui-ci était comparé à tous les échantillons précédents de sa bibliothèque personnalisée et assigné à un RiboGroup. Dans certains cas, le ribotypage automatisé peut être moins efficace que le typage des souches basé sur les séquences, car certaines espèces présentent une très faible diversité au sein de l'opéron d'ARN ribosomique analysé par le RiboPrinter®. Dans ces cas, les méthodes de caractérisation des souches bactériennes basées sur les séquences (SLST et MLST) peuvent fournir un niveau de discrimination et de répétabilité beaucoup plus élevé que la ribo-impression automatisée et devraient être fortement envisagées. Qu'est-ce que le ribotypage des souches bactériennes ? Le ribotypage est une analyse automatisée, basée sur des fragments, de l'empreinte génétique de l'organisme à l'aide du système RiboPrinter® pour la caractérisation bactérienne. Qu'est-ce qu'un motif de riboprinting ? Le ribopistage est une technologie basée sur les fragments qui utilise des enzymes de restriction pour cibler et couper des régions des gènes de l'ARN ribosomique (5S, 16S, 23S,