La séquençage au bisulfite est une technologie bien connue pour détecter la méthylation de l'ADN et plusieurs technologies telles que WGBS, RRBS, MeDIP-Seq et MSBS sont utilisées pour l'analyse de la méthylation de l'ADN du génome entier. La méthylation de l'ADN joue un rôle important dans la régulation du développement cellulaire, de la différenciation et de l'expression des gènes en biologie moléculaire, en génétique et en épigénétique. La plupart des cytosines méthylées se trouvent sur les sites CpG, et 70 à 80 % des cytosines sont méthylées. Le nombre de sites CpG dans le génome humain est d'environ 28 millions, ce qui représente moins de 1 % du génome, alors que l'on s'attend à ce qu'il en représente 4,4 %.
Le séquençage au bisulfite du génome entier (WGBS) est la méthode la plus efficace pour l'analyse de la méthylation de l'ADN. La seule limite est le coût très élevé du séquençage, car le génome entier est séquencé, y compris toutes les régions non méthylées.
Le séquençage au bisulfite à représentation réduite (RRBS) est la représentation réduite d'une plus petite fraction des sites CpG méthylés. Le RRBS combine la digestion par enzyme de restriction et le séquençage au bisulfite, et enrichit le séquençage pour les sites CpG méthylés. Il s'agit d'une technologie efficace pour estimer les schémas de méthylation du génome entier au niveau de la base unique. Bien que cela permette une plus grande profondeur de couverture et réduise le coût du séquençage, la limite est que seuls 10 % des sites CpG méthylés sont couverts.
Le séquençage par immunoprécipitation de l'ADN méthylé (MeDIP-Seq) est une autre technique d'enrichissement du génome entier utilisée pour la sélection de l'ADN méthylé. En utilisant des anticorps contre la 5-méthylcytosine, l'ADN méthylé est enrichi à partir de l'ADN génomique entier par immunoprécipitation. les anticorps contre la 5-méthylcytosine sont incubés avec de l'ADN génomique fragmenté et précipités, puis l'ADN est purifié et séquencé.
---