Le kit a été développé pour la construction de bibliothèques de haute qualité pour le séquençage de nouvelle génération (plateformes Illuminina et MGI). Le kit nécessite des fragments d'ADN double brin (émoussés et/ou collants) comme ADN d'entrée pour la préparation des librairies NGS, et est compatible avec les fragments d'ADN générés à la fois par des méthodes enzymatiques et des méthodes physiques (sonication, nébulisation, etc.). Le multiplexage des librairies est possible avec différents types d'index.
Le kit a été optimisé pour la préparation de librairies de séquençage de nouvelle génération (NGS) avec différents types d'échantillons. La plupart des préparations de librairies d'ADN nécessitent la ligature de fragments d'ADN cisaillés à des adaptateurs de librairies et la préparation des librairies d'ADN est étroitement liée à la qualité des données NGS. Grâce aux technologies uniques de préparation de librairies d'ADN de BioDynami, ce kit simple et rapide permet de préparer des librairies NGS de haute qualité en 1,5 heure, avec seulement 10 minutes de temps de travail.
Certaines régions génomiques sont très difficiles à couvrir de manière uniforme, ce qui se traduit généralement par un taux de couverture très faible ou par des lacunes dans ces régions.
Les régions difficiles typiques sont les suivantes :
- à forte teneur en GC
- présentent des structures secondaires : principalement dues à des séquences répétées
- les cas les plus défavorables : ils présentent à la fois des teneurs élevées en GC et des séquences répétées.
Exemple : le gène TERT humain est l'une des régions les plus difficiles, comme indiqué ci-dessus. Les données NGS ont montré que le kit BioDynami est le plus performant pour couvrir la région extrêmement difficile du gène TERT humain.
Trois types d'index sont disponibles pour les kits de la plateforme illumina :
Non-index : les bibliothèques n'ont pas d'index.
Index : Une séquence de code-barres unique de 6 bases a été incluse dans chacune des amorces d'index.
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